企業(yè)內(nèi)部控制財(cái)務(wù)審計(jì)需要注冊(cè)會(huì)計(jì)師采取從上到下的審計(jì)方式，在實(shí)施審計(jì)的時(shí)候要首先了解內(nèi)部控制工作開(kāi)展可能遇到的風(fēng)險(xiǎn)，并層層認(rèn)定和篩選風(fēng)險(xiǎn)出現(xiàn)的根源，根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)出現(xiàn)的根源來(lái)選擇對(duì)應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)控制方式。可以發(fā)現(xiàn)，內(nèi)部控制審計(jì)應(yīng)用了傳統(tǒng)財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)的關(guān)鍵思想，即風(fēng)險(xiǎn)導(dǎo)向?qū)徲?jì)思想，財(cái)務(wù)審計(jì)報(bào)告內(nèi)部控制審計(jì)與財(cái)務(wù)審計(jì)報(bào)表審計(jì)所進(jìn)行方法是相同的。

內(nèi)部控制審計(jì)在實(shí)施的時(shí)候要求可以測(cè)試內(nèi)部控制設(shè)計(jì)和運(yùn)行的有效性。財(cái)務(wù)審計(jì)報(bào)表在審計(jì)的時(shí)候需要根據(jù)控制運(yùn)行的有效性來(lái)確定審計(jì)程序的范圍、性質(zhì)、時(shí)間。內(nèi)部控制審計(jì)獲取控制設(shè)計(jì)和運(yùn)行的參考和財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)基本一致。

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師為了能夠了解會(huì)計(jì)報(bào)表是否存在比較大的錯(cuò)誤在實(shí)施報(bào)表審計(jì)管理的時(shí)候要優(yōu)先進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，其中，風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估的一個(gè)關(guān)鍵內(nèi)容是了解被審計(jì)對(duì)象的內(nèi)部控制情況，在了解內(nèi)部控制有效之后進(jìn)行內(nèi)部控制測(cè)試，通過(guò)測(cè)試注冊(cè)會(huì)計(jì)師會(huì)了解被審計(jì)單位內(nèi)部控制實(shí)際情況，并為日后開(kāi)展財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制審計(jì)服務(wù)提供重要參考支持。在審計(jì)過(guò)程中注冊(cè)會(huì)計(jì)師還會(huì)了解被財(cái)務(wù)審計(jì)單位內(nèi)部是否存在一些財(cái)務(wù)報(bào)告失誤的問(wèn)題，結(jié)合這些問(wèn)題為日后的內(nèi)部控制指明方向。在財(cái)務(wù)審計(jì)報(bào)告內(nèi)部控制審計(jì)的過(guò)程中，注冊(cè)會(huì)計(jì)工作者還會(huì)對(duì)被審計(jì)單位內(nèi)部關(guān)鍵控制點(diǎn)進(jìn)行審查，仔細(xì)發(fā)現(xiàn)影響內(nèi)部控制的缺陷點(diǎn)，及時(shí)調(diào)節(jié)。這些內(nèi)部控制的缺陷也是預(yù)示了會(huì)計(jì)報(bào)表對(duì)應(yīng)賬戶(hù)中存在的問(wèn)題，因而也就為注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)財(cái)務(wù)報(bào)表的修改提供線(xiàn)索。