對于績效審計而言，這種財務(wù)審計方法主要是針對審計結(jié)果、實際業(yè)績和期望目標之間的差異進行研究，并從研究結(jié)果中歸納出現(xiàn)階段政府、單位在管理制度方面的不足；并且督促這些部門或單位改正，從而提高經(jīng)濟效益。


就財務(wù)審計而言，這種審計方式就是通過審計過程中發(fā)現(xiàn)的問題，對經(jīng)濟活動中有關(guān)部門、單位所體現(xiàn)的真實性、正確性等進行計量。對不符合規(guī)定的，審計機關(guān)可責(zé)令其限期改正，對現(xiàn)行制度予以糾正。通過對二者在審計過程中所體現(xiàn)出來的理念的分析，不難發(fā)現(xiàn)，當我們在審計過程中發(fā)現(xiàn)了經(jīng)濟活動中存在的缺陷或問題，就會懲罰或督促檢查對象改正。就財政審計而言，相關(guān)政府部門或單位都會受到法律制裁，而對于績效審計，由于審核對象的不同，我們通常不會采用法律性手段予以處罰。

績效審計和財務(wù)審計在切入點上所體現(xiàn)的差異。前面已經(jīng)對績效審計的目標進行了分析，在此基礎(chǔ)上，績效審計方法的應(yīng)用就是從業(yè)務(wù)過程上切入。通過對業(yè)務(wù)流程的考察，能夠快速地考慮到審查對象內(nèi)部執(zhí)行決策時是否有執(zhí)行不力、決策失誤、監(jiān)督失效等問題。在發(fā)現(xiàn)了這些問題后，我們還可以快速組合業(yè)務(wù)過程，以制定解決方案。就財務(wù)審計而言，財務(wù)審計的目的在于檢討會計委員會工作的公允性、真實性、正確性，因此，在實際審計過程中，我們會把審計師內(nèi)部的資金流動作為切入點來開展審計工作。從資金流在審評單位內(nèi)部的流動、使用情況等方面進行考察，可以有效地對審評對象內(nèi)部資金流動是否符合法律法規(guī)和相關(guān)標準進行審查。

就財務(wù)審計工作的側(cè)重點而言，二者同樣也存在著一些差別。在績效審計中，我們往往把審計重點放在決策政策的決策、審核系統(tǒng)、審計環(huán)境等方面，而這些內(nèi)容直接影響審計績效。在財務(wù)審計方面，我們就把重點放在審計方面，如會計帳簿、會計報表、會計憑證等。這一內(nèi)容可以直接反映被審單位在經(jīng)濟活動中所涉及的財政收支情況。